İLKE Vakfı bünyesinde faaliyet gösteren araştırma merkezleri; eğitim politikalarından İslam iktisadına, toplumsal düşünceden sivil toplum kapasitesine uzanan alanlarda kanıta dayalı çalışmalar yürütür.
Eğitim Politikaları Araştırma MerkeziMüfredat, öğretmen yetiştirme ve eğitime erişim üzerine kanıta dayalı politika önerileri. Aylık Eğitim İzleme Raporu serisini yürütür.
Toplumsal Düşünce ve Araştırmalar MerkeziAile, gençlik, iş–yaşam dengesi ve uluslararası öğrenciler — Türkiye'nin değişen toplumsal yapısı üzerine saha çalışmaları.
İslam İktisadı Araştırma Merkeziİslam iktisadı, katılım finansı ve öşür gibi sosyal yardım mekanizmaları üzerine akademik ve pratik çalışmalar yürütür.
Sivil Toplum AkademisiSTK'ların kurumsal kapasitesini artıran eğitimler, sektör raporları ve sivil toplum kuruluşları arası ortaklık programları.
Müfredattan finansmana, öğretmen yetiştirmeden eğitime erişime — Türkiye eğitim sistemini izleyen, kanıta dayalı politika önerileri üreten araştırma merkezi.

Aileden gençliğe, iş-yaşam dengesinden toplumsal değerlere — Türkiye toplumunun dönüşümünü izleyen, saha verisine dayalı analizler üreten araştırma merkezi.

Teorik temellerden katılım finansına, zekât ve öşürden helal ekonomiye — İslam iktisadı alanında özgün bilgi üreten ve alanı kurumsallaştıran araştırma merkezi.

Kapasite geliştirmeden sektör araştırmalarına, eğitim programlarından mevzuat analizine — sivil toplum kuruluşlarının kurumsal gelişimine katkı sunan bir akademi.